És un edifici força transformat, tot i que conserva els fonaments i part dels murs d'una construcció alt-medieval. L'estructura originària correspon a un edifici de planta basilical amb tres naus, de la qual es va suprimir la capçalera i es va substituir pel presbiteri actual, es va sobrealçar la nau central i es van obrir els murs laterals per a construir diverses capelles.
La parròquia d'Alp és esmentada en l'acta de consagració de la Seu d'Urgell de l'any 819, document realment redactat cap a la fi del segle x. També apareix esmentada en la narració del monjo Aimó sobre el trasllat de les relíquies de sant Vicenç, de vers el 863, on explica com la comitiva de monjos de Castres que les havien anat a buscar a Saragossa s'aturà a l'església d'Alp, aleshores dedicada a santa Maria. En documents posteriors apareix sempre sota l'advocació de sant Pere.
L'any 1105 s'establí una convinença entre el bisbe Ot d'Urgell, d'una part, i el vescomte Bernat de Cerdanya, Berenguer Bernat, el seu germà Ramon, Ponç Guillem, d'altres cavallers i tots els parroquians de l'altra, sobre el fet que aquests retenien l'església d'Alp injustament. Arran d'aquest enfrontament la parròquia fou retornada al domini del bisbe amb la condició que s'hi establís una comunitat clerical sota l'autoritat d'un capellà i del paborde de la Seu. Un testament de 1163, el de Ferrera, testimonia l'existència encara de la comunitat de clergues. Aquesta comunitat ja no existia al final del segle xiii, segons es comprova en el cobrament de la dècima de 1279-1280 i en les visites arquebisbals de 1312-1314, en les quals Sant Pere d'Alp figura únicament com una parròquia ben dotada.
Sembla que al segle xii l'església fou usada com a castell.
Durant unes obres de restauració realitzades pels anys 1980-1989 es van descobrir les restes d'un conjunt de pintura mural de tradició gòtica.
A l'altar major hi havia hagut un retaule del segle xvi, presidit pel sant titular, i la talla d'una Marededéu que es conserva al Museu d'Art de Girona.
