Façana
Mare de Déu dels Dolors
Sagrada Família
Mare de Déu de Fatima
Cripta
El seu origen està en una capella cristiana del segle III-IV on es rendia culte a les restes de Santa Engracia i altres màrtirs saragossans. D'aquest període es conserven a la cripta de l'església dos sarcòfags paleocristians realitzats per tallers romans de la primera meitat del segle IV: el de la Receptio animae (restaurat el 1998) i el de la Trilogia petrina (restaurat el 1991).
Aquest lloc de culte cristià va romandre com a església durant el període visigot. En ella va estudiar Eugenio de Toledo sota el mestratge de Sant Braulio. Durant la dominació islàmica, va ser centre d'un barri de població mossàrab.
A la segona meitat del segle XV, Juan II d'Aragó va voler promoure un monestir en gratitud a Santa Engracia després de la seva curació d'una malaltia de cataractes, però la construcció del mateix no es va emprendre fins al regnat de Ferran el Catòlic. El monestir d'estil plateresc va quedar en estat de ruïna i va ser demolit íntegrament després dels Llocs de Saragossa, encara que es va salvar de la destrucció la portada renaixentista de l'església, obra concebuda i realitzada fins 1514 per Gil Morlanes el Vell, i rematada per el seu fill Gil Morlanes el Jove.