Mare de Déu a la capella inicial
Lloc del naixement d'Ignasi amb imatge
de Maria amb Jesús
Mare de Déu dels Dolors a l'oratori
Anunciació a la capella de la conversió
Dolors a la capella de la conversió
Mare de Déu de Montserrat sortint
Diorama vida Sant Ignasi
Diorama vida Sant Ignasi
Baixrelleu, Maria amb una representació dels 5 continents
El conjunt del Santuari de Loiola està edificat al voltant d'un lloc que ho justifica: la Casa Torre medieval en què Ignasi de Loiola, el futur Sant Ignasi, va néixer eñ 1491 i es va convertir a Déu el 1521. El cor de Loiola és aquesta Casa Torre , solar del llinatge de Oñaz i Loiola, que avui es coneix com la Casa Natal. Es compon de quatre plantes:
La planta baixa, amb els seus murs de gairebé dos metres d'espessor, seus set troneres davant una de les quals està emplaçada una vella bombarda, els seus quatre forts pilars centrals de fusta calçats en pedra, i la seva rude paviment de lloses i còdols, ens evoca l'època medieval i feudal de la família de Oñaz i Loiola, un llinatge del qual coneixem, a partir del segle XIII, les 9 generacions anteriors a la d'Ignasi.
El primer pis, tancat entre els forts murs de pedra de la vella fortalesa, estava dedicat a la cuina i a les habitacions de la servitud. A la vella cuina de la Casa Torre, amos i criats convivien al voltant del foc de la llar. Aquí es contaven les velles històries del llinatge, transmetent així la cultura familiar.
El segon pis pertany ja a la part de la Casa Torre reconstruïda en maó per l'avi d'Ignasi el 1460. Era la planta noble de la casa, en la qual es trobaven les estances del Senyor i la Senyora de Oñaz i Loiola i les habitacions de representació: l'Oratori de la Casa, el menjador, i el Saló d'Honor destinat a rebre els hostes principals en les grans ocasions.
El tercer pis alberga la Capella de la Conversió, aquesta habitació en la qual Ignasi va ser operat repetides vegades i en què va estar a punt de morir. La lectura d'unes vides de Sants i La vida de Crist van anar obrint davant Ignasu un nou món. Va començar a preguntar-se si no podria fer també ell les coses que havien fet els Sants. Més encara, la seva voluntat s'inclinava a realitzar-les. A poc a poc, el que havia començat gairebé com un torneig amb si mateix, es va anar convertint en una cosa nova i diferent: inesperadament, en aquesta habitació de convalescent, Déu va enamorant a Igansi, i Ignasi es va enamorant de Déu.